La citation "On flotte tous en bas... " est une référence au livre de Stephen King, 'ÇA'.
D'après le premier live post-repentance dans lequel Edmund explique le lore du jeu, il est révélé que la raison pour laquelle Isaac n'a ni corps ni corde après avoir obtenu Transcendence est simplement que McMillen trouvait l'idée rigolote.
Utiliser les Paire de Ciseaux après avoir ramassé Transcendence fait disparaître la tête d'Isaac, ne laissant plus visibles que les orbitaux d'Isaac et son ombre.
Utiliser les Ciseaux fait cracher des giclées de sang à Isaac, ce qui le rend bien plus facile à repérer.
L'Envahisseur : Subir un dégât et faire sortir l'araignée rend Isaac complètement invisible.
Paire de Ciseaux après avoir ramassé Transcendence fait disparaître la tête d'Isaac, ne laissant plus visibles que les orbitaux d'Isaac et son ombre.
Le Cœur de Maman doit être battu 2 fois plutôt que 3 pour débloquer Transcendance.
